W latach 90-tych XX środowisko Gestalt powiększało się z każdym rokiem. Coraz częstsze kontakty z europejskimi organizacjami psychoterapeutycznymi, takimi jak EAGT (European Association of Gestalt Therapy) i EAP (European Association of Psychotherapy, uświadamiały liderom rozwijającym podejście Gestalt w Polsce, jak ważne jest stworzenie organizacji dbającej o standardy szkolenia, etykę i miejsce psychoterapeutów Gestalt w systemie ochrony zdrowia psychicznego. Wyłoniła się potrzeba powołania formalnej organizacji dla licznej już wtedy grupy wykwalifikowanych psychoterapeutów i trenerów Gestalt, adeptów szkoleń prowadzonych przez istniejące wówczas dwa instytuty i wszystkich, którzy w tamtych latach tworzyli podstawy nauczania i praktyki Gestalt w Polsce. Ze względu na wymianę myśli oraz tworzenie programów szkoleniowych istotna stała się także formalna współpraca z EAGT. Ważnym krokiem była również decyzja o przyjęciu kodeksu etycznego zawodu psychoterapeuty EAGT.

Zebranie założycielskie PTPG odbyło się w kwietniu 2005 na ul. Gwarnej w Krakowie i było poprzedzone spotkaniem gestaltystów w Przegorzałach, a także wcześniejszymi licznymi dyskusjami oraz spotkaniami. Na zebraniu, oprócz założycieli, głos zabierali także goście z zagranicy: obecny był Aleksander Filtz, ówczesny prezydent EAP, oraz Peter Schultess, wówczas przewodniczący Komitetu Standardów Treningowych EAGT. Członkowie założyciele wybrali spośród siebie Komitet Założycielski, którego skład weszli: Ewa Canert-Łąka, Zofia Pierzchała, Katarzyna Węglorz-Makuch, Maria Wilamowska i Krzysztof Papis, a następnie osoby te zostały wybrane jako pierwszy Zarząd. 10 maja 2005 roku statut PTPG został zarejestrowany w Krajowym Rejestrze Sądowym.

Pierwsze lata Polskiego Towarzystwa Psychoterapii Gestalt to przede wszystkim intensywne działania na rzecz integracji całego środowiska i propagowania celów Towarzystwa. Warto podkreślić, że od początku aktywność ta była obarczona istnieniem dwóch biegunów, które przy każdej inicjatywie dawały o sobie znać, będąc zarazem twórczym potencjałem, który zapewniał nowopowstałemu stowarzyszeniu możliwość dyskusji, dialogu i konfrontowania różnych poglądów.

I Kongres Polskiego Towarzystwa Psychoterapii Gestalt odbył się 11 listopada 2005r. w Krakowie, w salach Uniwersytetu Jagiellońskiego. Otwierał ją wykład inauguracyjny dr. Bartla na temat egzystencjalizmu, a wśród wielu wystąpień na uwagę zasługiwała prezentacja Petera Shulthessa w imieniu EAGT. Konferencja była poświęcona przede wszystkim nakreśleniu kierunku, wyłonieniu spraw najważniejszych dla wykonywania zawodu psychoterapeuty i dla podnoszenia prestiżu psychoterapii Gestalt. Na pierwszym planie znalazło się wtedy uznanie psychoterapii Gestalt przez władze, perspektywa wydawania certyfikatów psychoterapeuty oraz relacje pomiędzy PTPG a instytutami szkolącymi w modalności Gestalt. Kongres miał charakter otwarty, zgromadził członków nowopowstałego Towarzystwa oraz licznych przedstawicieli środowiska gestaltystów. Rozpoczęto działania na rzecz integracji środowiska. Podjęto uchwały dotyczące sposobów realizowania celów PTPG, między innymi o organizowaniu cyklicznych konferencji naukowych i promowaniu standardów EAGT.

We wrześniu 2006 roku PTPG zostało jednym z założycieli Polskiej Rady Psychoterapii (PRP). Celem powstania Rady była reprezentacja środowiska psychoterapeutów wobec ustawodawcy i zabieganie o rozwiązania prawne, chroniące status psychoterapii i zmierzające do ustanowienia zawodu psychoterapeuty. Co jest warte podkreślenia – do wspólnej pracy zasiedli przedstawiciele organizacji reprezentujących psychoterapeutów pracujących w różnych paradygmatach. Pierwszym efektem prac było skierowanie do Ministra Zdrowia pisma w sprawie projektu „Ustawy o niektórych zawodach medycznych”, oraz opracowanie ramowego programu nauczania w zakresie psychoterapii, który do dziś stanowi podstawę szkoleń psychoterapeutycznych różnych modalności. Podpisy pod projektem złożyło 18 organizacji szkolących lub certyfikujących psychoterapeutów.

Przedstawiciele Towarzystw zrzeszonych w PRP wielokrotnie brali udział w konsultacjach społecznych w Ministerstwie Zdrowia. Od 2006 roku do 2012 reprezentantem PTPG w PRP była Ewa Canert-Łąka, do 2014 r. Piotr Domaradzki. Od grudnia 2014 Renata Mizerska oraz Michał Kostrzewski. Od października 2025 rolę tę przejął aktualny Zarząd PTPG.

Od początku PTPG jest też członkiem Polskiej Federacji Psychoterapii, organizacji działającej na rzecz rozwoju psychoterapii i zawodu psychoterapeuty.

Jako największe stowarzyszenie, skupiające psychoterapeutów Gestalt w Polsce, w 2006 roku, PTPG zostało zaproszone przez EAGT do przyjęcia funkcji NOGT (National Organization for Gestalt Therapy – Krajowej Organizacji Psychoterapii Gestalt). Od tego czasu PTPG ma swojego reprezentanta w rozszerzonym Zarządzie EAGT, w którym zasiadają przedstawiciele krajowych NOGT-ów. Uzyskanie pełnej akredytacji NOGT nastąpiło we wrześniu 2016r. Każdy NOGT (zarówno akredytowany, jak i będący w procesie akredytacji), współdecyduje o polityce EAGT. W latach 2006-2014 reprezentantem Polski była Ewa Canert-Łąka, następnie Renata Mizerska, Jolanta Mierzwa, a obecnie Anna Małecka.

Realizując swoje cele, stowarzyszenie zaczęło też regularnie organizować konferencje. Celem spotkań była wymiana naukowa, przegląd praktyki i teorii i rozwój Terapii Gestalt w Polsce. Do tej pory odbyły się:

• I Konferencja PTPG „Psychoterapia Gestalt –jednostka, grupa, społeczeństwo” 28-30 listopada 2008, Kraków;
• II Konferencja PTPG ” Tożsamość zawodowa psychoterapeuty-źródła, konteksty, perspektywy”, 19-21 listopada 2010, Dobczyce;
• III Konferencja PTPG „Psychoterapia Gestalt – schemat, oryginalność, wymiary kontaktu”, 14-15 września 2012, Zawiercie;
• IV Konferencja naukowa PTPG pt. „Pomiędzy –Wśród-Razem”, 17-19 października 2014, Wrocław;

Na uwagę zasługuje zorganizowanie przez PTPG w  2013 roku  w Krakowie 11 Europejskiego Kongresu EAGT “The heART of connecting, co-creating individuals and communities”, w którym wzięło udział ponad 400 uczestników z całego świata. O organizację kolejnych konferencji ubiega się co trzy lata kilka organizacji gestaltowskich z różnych krajów, zatem było to szczególne osiągnięcie naszego stowarzyszenia.

Od 2012 roku, PTPG egzaminuje i certyfikuje psychoterapeutów. Egzamin jest formą sprawdzenia a certyfikat Towarzystwa potwierdza umiejętności w zakresie samodzielnego stosowania psychoterapii. Dzięki temu psychoterapeuci należący do PTPG mogą ubiegać się o potwierdzenie kwalifikacji równorzędne z innymi towarzystwami. Certyfikat Psychoterapeuty jest odnawiany co 5 lat, a warunkiem odnowienia jest kontynuowanie rozwoju zawodowego, dalsze kształcenie i superwizja.

Przez 20 lat liczba członków Polskiego Towarzystwa Psychoterapii Gestalt wzrosła od początkowych 30 do niemal 700 i stale się zwiększa. W 2016 Towarzystwo uzyska status pełnoprawnego NOGT reprezentującego EAGT wobec członków, instytucji i instytutów gestaltowskich w Polsce.